HIỆP ĐỊNH, THỎA THUẬN, BẢN GHI NHỚ GIỮA HAI NƯỚC:
Các Hiệp định vay ODA hàng năm (từ 1992)
Hiệp định Hàng không (5/1994)
Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (9/1995)
Hiệp định hợp tác kỹ thuật (10/1998)
Hiệp định khuyến khích và bảo hộ đầu tư (12/2004)
Hiệp định hợp tác khoa học và công nghệ (8/2006)
Hiệp định Đối tác kinh tế song phương Việt-Nhật VJEPA (25/12/2008).
Một số thoả thuận khác:
Thỏa thuận cử đội hợp tác thanh niên hải ngoại (1994).
Biên bản về hợp tác trong lĩnh vực pháp luật (10/1996).
Sáng kiến chung Việt - Nhật về cải thiện môi trường đầu tư tại Việt Nam (11/2003), giai đoạn hai (7/2006).
Tuyên bố chung giữa hai Bộ trưởng Ngoại giao “vươn tới tầm cao mới của mối quan hệ đối tác bền vững” 7/2004.
Tuyên bố chung về hợp tác IT Việt Nam-Nhật Bản (6/2004).
Thoả thuận hợp tác giữa Học viện quan hệ quốc tế Việt Nam và Viện nghiên cứu các vấn đề quốc tế Nhật Bản (2/2005).
Tuyên bố chung hợp tác du lịch giữa Tổng cục du lịch và Bộ Lãnh thổ, Hạ tầng và Vận tải Nhật Bản 4/2005.
Tuyên bố chung giữa hai Thủ tướng Việt Nam-Nhật Bản “hướng tới quan hệ đối tác chiến lược vì hòa bình và phồn vinh ở Châu Á” 10/2006.
Bản ghi nhớ về việc thành lập Ủy ban Hợp tác Việt Nam - Nhật Bản (5/2007).
Tuyên bố chung làm sâu sắc hơn quan hệ Việt Nam và Nhật Bản và Chương trình hợp tác hướng tới quan hệ đối tác chiến lược (11/2007).
Thoả thuận hợp tác về lĩnh vực phát triển điện hạt nhân tại Việt Nam giữa Bộ Công thương Việt Nam và Bộ Kinh tế-Thương mại và Công nghiệp Nhật Bản (5/2008).
Bản ghi nhớ về việc Nhật Bản giúp Việt Nam phát triển ngành công nghiệp phụ trợ ký kết giữa Bộ trưởng Bộ Công thương Vũ Huy Hoàng và Bộ trưởng Kinh tế-Thương mại-Công nghiệp Nhật Bản (METI) Nikai (25/12/2008) .